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结核病患者的病灶中不仅有结核杆菌的存在，同时伴有多种致病微生物的寄生。因此，结核病灶是多种致病微生物混合感染的结果，单纯应用抗结核药物，常常不能有效地控制结核病。相反，会人為地破坏结核病灶内固有的菌群平衡，助长结核杆菌的抗药性和耐药性。
其次，常规化疗全身给药的方法，不能保証结核病灶内的有效浓度，当常规化疗的临床效果不佳时，不能简单的归结為细菌的耐药性，其实，恰恰是我们药物浓度的不足才导致了细菌的耐药，这一点尤其应当引起我们的重视。
另外，结核病常规药物治疗过程中，隻考虑了破坏、杀灭，没有考虑修复、重建，更没有考虑动态平衡。单纯靠全身用药能够彻底杀灭结核杆菌吗?当我们全身大剂量、长期化疗的时候，杀灭的不仅仅是结核杆菌，同时破坏的是菌群平衡，破坏的是机体自然免疫功能和保护屏障，不仅效果不佳，而且得不偿失。
